Динамика становления кишечной микробиоты здоровых доношенных детей в течение первого месяца жизни

DOI

https://dx.doi.org/10.18565/aig.2025.371

Припутневич Т.В., Денисов П.А., В.В. Муравьева, Любасовская Л.А., Исаева Е.Л., Шабанова Н.Е., Бембеева Б.О., Трофимов Д.Ю., Балашова Е.Н., Зубков В.В., Николаева А.В.
1) ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова» Министерства здравоохранения Российской Федерации, Москва, Россия; 2) ФГАОУ ВО «Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова» Министерства здравоохранения Российской Федерации, Москва, Россия; 3) ФГБОУ ДПО «Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования» Министерства здравоохранения Российской Федерации, Москва, Россия; 4) ГБУЗ «Московский медицинский клинический центр «Вороновское» Департамента здравоохранения города Москвы», Москва, Россия

Становление микробиоты кишечника является важным этапом у детей первого месяца жизни. Этапность колонизации и запуск каскада иммунологических реакций через рецепторы кишечника является эволюционно обоснованной стратегией адаптации ребенка после рождения. Любые нарушения этой этапности, такие как операция кесарева сечения, искусственное вскармливание, преждевременные роды, приводят к изменениям адаптации, от незначительных нарушений пищеварения до фатально опасных заболеваний (некротизирующий энтероколит (НЭК), сепсис). Поэтому для выявления основных патологических тенденций, предшествующих НЭК, целесообразно сравнение микробиоты кишечника новорожденных детей в разные временные промежутки.
Цель: Оценить динамику изменений состава кишечной микробиоты в течение первого месяца жизни у здоровых доношенных детей.
Материалы и методы: У доношенных новорожденных, рожденных в ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, изучена микробиота кишечника в трех временных точках: 1-е сутки жизни (первородный кал – меконий), 7-е сутки и 30-е сутки. Исследование проводили методом метагеномного секвенирования 16S рРНК.
Результаты: Данное исследование показало выраженные отличия микробиоты на первой неделе жизни и к 30-м суткам жизни, что является критическим периодом для развития НЭК у детей. В первую неделю доминировали виды рода Staphylococcus, с постепенным снижением к 7-му и 30-му дням. В то же время наблюдался рост уровня колонизации Escherichia coli, достигая максимума к 30-му дню, что свидетельствует о постепенной колонизации кишечника этим видом. Представленность видов рода Bifidobacterium демонстрирует значимое различие в разных временных точках. К концу первого месяца увеличивался уровень Bifidobacterium animalis, что указывает на начало формирования пробиотической микробиоты. Эти результаты подчеркивают важность раннего периода для формирования микробиоты и возможное влияние этой динамики на иммунное и физиологическое развитие новорожденных.
Заключение: Первые дни жизни новорожденных представляют собой критический период формирования микробиоты кишечника, в ходе которого происходит активный переход от преобладания факультативных анаэробов к доминированию облигатно-анаэробных микроорганизмов. Важным аспектом является своевременная колонизация лакто- и бифидобактериями, что способствует профилактике НЭК. Наблюдаемое увеличение биоразнообразия микроорганизмов по мере роста постнатального возраста свидетельствует о постепенном формировании устойчивого микробиома.

Вклад авторов: Припутневич Т.В., Зубков В.В., Николаева А.В. – научное руководство, концепция и дизайн исследования; Денисов П.А. – биоинформатический и статистический анализ данных, визуализация, написание текста, интерпретация; Исаева Е.Л., Муравьева В.В., Бембеева Б.О. – подготовка микробиологического материала, написание текста; Шабанова Н.Е., Любасовская Л.А. – написание текста, редактирование; Балашова Е.Н. – сбор данных; Трофимов Д.Ю. – молекулярно-генетические исследования.
Конфликт интересов: Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
Финансирование: Исследование выполнено в рамках государственного задания Минздрава России «Разработка комплексного подхода к диагностике и коррекции дисбиотических нарушений микробиоты кишечника, спровоцированных антибактериальной терапией у новорожденных» (124020600025-2).
Одобрение этического комитета: Исследование одобрено этическим комитетом ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России (выписка из протокола заседания комиссии №03 от 21 марта 2024 г.).
Согласие пациентов на публикацию: У законных представителей всех детей получено информированное согласие на участие в исследовании и публикацию данных.
Обмен исследовательскими данными: Данные, подтверждающие выводы этого исследования, доступны по запросу у автора, ответственного за переписку, после одобрения ведущим исследователем.
Для цитирования: Припутневич Т.В., Денисов П.А., В.В. Муравьева, Любасовская Л.А., Исаева Е.Л., Шабанова Н.Е., Бембеева Б.О., Трофимов Д.Ю., Балашова Е.Н., Зубков В.В., Николаева А.В. Динамика становления кишечной микробиоты здоровых доношенных детей в течение первого месяца жизни.
Акушерство и гинекология. 2026; 1: 45-54
https://dx.doi.org/10.18565/aig.2025.371

кишечная микробиота

доношенные новорожденные

пробиотики

некротизирующий энтероколит

метагеномное секвенирование

Полный текст статьи
доступен в "Библиотеке Врача"

Aagaard K., Ma J., Antony K. M., Ganu R., Petrosino J., Versalovic J. The placenta harbors a unique microbiome. Sci. Transl. Med. 2014; 6(237): 237ra65. https://dx.doi.org/10.1126/scitranslmed.3008599
Odendaal J., Black N., Bennett P.R., Brosens J., Quenby S., MacIntyre D.A. The endometrial microbiota and early pregnancy loss. Hum. Reprod. 2024; 39(4): 638-46. https://dx.doi.org/10.1093/humrep/dead274
Balla B., Illés A., Tobiás B., Pikó H., Beke A., Sipos M. et al. The role of the vaginal and endometrial microbiomes in infertility and their impact on pregnancy outcomes in light of recent literature. Int. J. Mol. Sci. 2024; 25(23): 13227. https://dx.doi.org/10.3390/ijms252313227
Moreno I., Franasiak J.M. Endometrial microbiota – new player in town. Fertil. Steril. 2017; 108(1): 32-9. https://dx.doi.org/10.1016/j.fertnstert.2017.05.034
Ganguli K., Meng D., Rautava S., Lu L., Walker W.A., Nanthakumar N. Probiotics prevent necrotizing enterocolitis by modulating enterocyte genes that regulate innate immune-mediated inflammation. Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol. 2013; 304(2): G132-41. https://dx.doi.org/10.1152/AJPGI.00142.2012
Gorreja F., Rush S.T.A., Kasper D.L., Meng D., Allan Walker W. The developmentally regulated fetal enterocyte gene, ZP4, mediates antiinflammation by the symbiotic bacterial surface factor polysaccharide a on Bacteroides fragilis. Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol. 2019; 317(4): G398-G407. https://dx.doi.org/10.1152/AJPGI.00046.2019
Meng D., Zhu W., Shi H.N., Lu L., Wijendran V., Xu W. et al. Toll-like receptor-4 in human and mouse colonic epithelium is developmentally regulated: a possible role in necrotizing enterocolitis. Pediatr. Res. 2015; 77(3), 416-24. https://dx.doi.org/10.1038/PR.2014.207
ОСТ 91500.11.0004-2003. Отраслевой стандарт. Протокол ведения больных. Дисбактериоз кишечника (утв. Приказом Минздрава России от 09.06.2003 № 231). Доступно по: https://normativ.kontur.ru/document?moduleId=9&documentId=62571
Припутневич Т.В., Исаева Е.Л., Муравьева В.В., Месян М.К., Зубков В.В., Николаева А.В., Бембеева Б.О., Тимофеева Л.А., Козлова А.А., Макаров В.В., Юдин С.М. Становление микробиоты кишечника доношенных и поздних недоношенных детей, рожденных самопроизвольно и путем операции кесарева сечения. Неонатология: новости, мнения, обучение. 2023; 11(1): 42-56.
Andrews S. FastQC: A quality control tool for high throughput sequence data. 2010. Available at: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics. 2014; 30(15): 2114-20. https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170
Wood D.E., Lu J., Langmead B. Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome Biol. 2019; 20(1): 257. https://dx.doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0
Lu J., Rincon N., Wood D.E., Breitwieser F.P., Pockrandt C., Langmead B. et al. Metagenome analysis using the Kraken software suite. Nature Protocols. 2022; 17(12): 2815-39. https://dx.doi.org/10.1038/s41596-022-00738-y
Lu J., Breitwieser F.P., Thielen P., Salzberg S.L. Bracken: estimating species abundance in metagenomics data. PeerJ Comput. Sci. 2017; 3: e104. https://dx.doi.org/10.7717/peerj-cs.104
Oksanen J., Simpson G.L., Blanchet F.G., Kindt R., Legendre P., Minchin P.R. et al. vegan: Community Ecology Package. In: CRAN: Contributed Packages. https://dx.doi.org/10.32614/CRAN.package.vegan
McMurdie P.J., Holmes S. Phyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data. PloS One. 2013; 8(4): e61217. https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0061217
Barajas H.R., Romero M.F., Martínez-Sánchez S., Alcaraz L.D. Global genomic similarity and core genome sequence diversity of the Streptococcus genus as a toolkit to identify closely related bacterial species in complex environments. PeerJ. 2019; 6: e6233. https://dx.doi.org/10.7717/peerj.6233
Walker A.W., Duncan S.H., Louis P., Flint H.J. Phylogeny, culturing, and metagenomics of the human gut microbiota. Trends Microbiol. 2014; 22(5): 267-74. https://dx.doi.org/10.1016/j.tim.2014.03.001
Bäckhed F., Roswall J., Peng Y., Feng Q., Jia H., Kovatcheva-Datchary P. et al. Dynamics and stabilization of the human gut microbiome during the first year of life. Cell Host Microbe. 2015; 17(5): 690-703. https://dx.doi.org/10.1016/j.chom.2015.04.004
Korpela K. Impact of delivery mode on infant gut microbiota. Ann. Nutr. Metab. 2021; 77(Suppl. 3): 11-9. https://dx.doi.org/10.1159/000518498
Ma J., Li Z., Zhang W., Zhang C., Zhang Y., Mei H. et al. Comparison of the gut microbiota in healthy infants with different delivery modes and feeding types: a cohort study. Front. Microbiol. 2022; 13: 868227. https://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2022.868227
Mollitt D.L., Tepas J.J., Talbert J.L. The role of coagulase-negative Staphylococcus in neonatal necrotizing enterocolitis. J. Pediatr. Surg. 1988; 23(1): 60-3. https://dx.doi.org/10.1016/S0022-3468(88)80542-6
Sáenz De Pipaón Marcos M., Rodríguez Delgado J., Martínez Biarge M., Pérez Rodríguez J., Sosa Rotundo G., Tovar Larrucea J.A. et al. Low mortality in necrotizing enterocolitis associated with coagulase-negative Staphylococcus infection. Pediatr. Surg. Int. 2008; 24(7): 831-5. https://dx.doi.org/10.1007/s00383-008-2168-y
Patel R.M., Underwood M.A. Probiotics and necrotizing enterocolitis. Semin. Pediatr. Surg. 2018; 27(1): 39-46. https://dx.doi.org/10.1053/j.sempedsurg.2017.11.008

Поступила 15.12.2025

Принята в печать 24.12.2025

Припутневич Татьяна Валерьевна, д.м.н., профессор, чл.-корр. РАН, директор института микробиологии, антимикробной терапии и эпидемиологии, ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4; профессор кафедры микробиологии им. академика З.В. Ермольевой, РМАНПО Минздрава России, t_priputnevich@oparina4.ru, https://orcid.org/0000-0002-4126-9730
Денисов Павел Александрович, н.с. лаборатории биоинформационного анализа института микробиологии, антимикробной терапии и эпидемиологии, ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4, denisov@neuro.nnov.ru, https://orcid.org/0000-0003-1813-6718
Муравьева Вера Васильевна, к.б.н., с.н.с. лаборатории молекулярной микробиологии института микробиологии, антимикробной терапии и эпидемиологии,
ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4, v_muravieva@oparina4.ru,
https://orcid.org/0000-0003-0383-0731
Любасовская Людмила Анатольевна, к.м.н., врач клинический фармаколог, ММКЦ Вороновское ДЗМ; доцент кафедры медицинской микробиологии им. академика
З.В. Ермольевой, РМАНПО Минздрава России, labmik@yandex.ru, https://orcid.org/0000-0002-7456-9940
Исаева Елена Леонидовна, к.м.н., с.н.с. лаборатории молекулярной микробиологии института микробиологии, антимикробной терапии и эпидемиологии,
ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4, isaeva73@bk.ru, https://orcid.org/0000-0001-6224-8202
Шабанова Наталья Евгеньевна, к.м.н., доцент, заведующая отделением клинической фармакологии института микробиологии, антимикробной терапии и эпидемиологии,
ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4, n_shabanova@oparina4.ru,
https://orcid.org/0000-0001-6838-3616
Бембеева Баир Очировна, н.с. института микробиологии, антимикробной терапии и эпидемиологии, ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4; ассистент, ФГАОУ ВО «РНИМУ им. Н.И. Пирогова» Минздрава России, b_bembeeva@oparina4.ru,
https://orcid.org/0000-0002-8820-9903
Трофимов Дмитрий Юрьевич, д.б.н., директор института репродуктивной генетики, ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, 117997, Россия, Москва,
ул. Академика Опарина, д. 4, d_trofimov@oparina4.ru, https://orcid.org/0000-0002-1569-8486
Балашова Екатерина Николаевна, к.м.н., в.н.с. отделения реанимации и интенсивной терапии новрожденных института неонатологии и педиатрии,
ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4, e_balashova@oparina4.ru,
https://orcid.org/0000-0002-3741-0770
Зубков Виктор Васильевич, д.м.н., директор института неонатологии и педиатрии, ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, 17997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4, v_zubkov@oparina4.ru, https://orcid.org/0000-0001-8366-5208
Николаева Анастасия Владимировна, к.м.н., главный врач, ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России, 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4, a_nikolaeva@oparina4.ru, https://orcid.org/0000-0002-0012-6688
Автор, ответственный за переписку: Павел Александрович Денисов, denisov@neuro.nnov.ru

Динамика становления кишечной микробиоты здоровых доношенных детей в течение первого месяца жизни

Припутневич Т.В., Денисов П.А., В.В. Муравьева, Любасовская Л.А., Исаева Е.Л., Шабанова Н.Е., Бембеева Б.О., Трофимов Д.Ю., Балашова Е.Н., Зубков В.В., Николаева А.В.

Ключевые слова

Список литературы

Об авторах / Для корреспонденции

Также по теме