Отдел системной биологии. Лаборатория протеомики и метаболомики в репродукции человека

Заведующий отделом: к.ф.-м.н. Франкевич Владимир Евгеньевич

Сотрудники лаборатории: зав. лаб., к.б.н. Стародубцева Н.Л., с.н.с., к.ф.-м.н. Чаговец В.В., с.н.с., к.ф.-м.н. Попов И.А., с.н.с., к.ф.-м.н. Кононихин А.С., с.н.с., к.б.н. Бугрова А.Е., специалист Кициловская Н.А.

Основные направления исследований:

• Развитие техники и методов клинической масс-спектрометрии.
• Развитие новых методов исследования биомакромолекул, входящих в состав физиологических жидкостей человека при помощи прямой масс-спектрометрии для создания методов неинвазивной диагностики.
• Разработка и внедрение в клиническую практику новых неинвазивных методов диагностики на основе быстрой масс-спектрометрии.
• Разработка и внедрение аппаратно-программного комплекса для «умной хирургии».
• Разработка неинвазивных методов диагностики новорожденных по масс-спектрометрическому анализу выдыхаемого воздуха.
• Развитие методов высокоэффективной идентификации модификаций белков для анализа взаимосвязей с патологическими процессами.
• Развитие методов протеотипирования белков на основе подхода Top-Down.
• Разработка хромато-масс-спектрометрических методов быстрого анализа протеома, метаболома, липидома биологических жидкостей и тканей.
• Разработка и внедрение в клиническую практику количественных методов масс-спектрометрического анализа (стероиды, витамины, аминокислоты и др.).

Лаборатория оснащена современным научным оборудованием, включающим такие масс-спектрометры, как Sciex QTRAP 4500, Bruker QTOF Maxis, Thermo Vantage. Все исследования проводятся в тесном сотрудничестве с клиническими подразделениями Центра. 10 аспирантов Центра выполняют свои работы в лаборатории протеомики и метаболомики.

Медико-биологические исследования проводятся совместно с ведущими НИИ и медицинскими учреждениями г. Москвы (Институт медико-биологических проблем РАН, Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта, НИИ нейрохирургии им. Н.Н. Бурденко). Поддерживаются тесные связи с зарубежными партнерами: установлено двухстороннее сотрудничество с Восточно-китайским технологическим университетом, в рамках которого на базе лаборатории создан Российско-Китайский центр масс-спектрометрии.

Исследования лаборатории активно поддерживаются государственными грантами: получены гранты Министерства науки, Российского научного фонда, Российского фонда фундаментальных наук.

Справка

Франкевич Владимир Евгеньевич – выпускник МФТИ (1990), кандидат физико-математических наук (МФТИ, 1993), автор более 100 публикаций, индекс Хирша по Скопусу – 19. Руководит отделом системной биологии ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» с 2014 г.

Избранные публикации:

1. Adamyan L.V., Starodubtseva N., Borisova A., Stepanian A.A., Chagovets V., Salimova D., Wang Z., Kononikhin A., Popov I., Bugrova A., Chingin K., Kozachenko A., Chen H., Frankevich V. Direct Mass Spectrometry Differentiation of Ectopic and Eutopic Endometrium in Patients with Endometriosis (2018) Journal of Minimally Invasive Gynecology, 25 (3), pp. 426-433.
2. Chagovets V., Wang Z., Kononikhin A., Starodubtseva N., Borisova A., Salimova D., Popov I., Kozachenko A., Chingin K., Chen H., Frankevich V., Adamyan L., Sukhikh G. A Comparison of Tissue Spray and Lipid Extract Direct Injection Electrospray Ionization Mass Spectrometry for the Differentiation of Eutopic and Ectopic Endometrial Tissues (2018) Journal of the American Society for Mass Spectrometry, 29 (2), pp. 323-330.
3. Chagovets V.V., Wang Z., Kononikhin A.S., Starodubtseva N.L., Borisova A., Salimova D., Popov I.A., Kozachenko A.V., Chingin K., Chen H., Frankevich V.E., Adamyan L.V., Sukhikh G.T.Endometriosis foci differentiation by rapid lipid profiling using tissue spray ionization and high resolution mass spectrometry (2017) Scientific Reports, 7 (1), статья № 2546, .
4. Chingin K., Cai Y., Chagovets V., Kononikhin A., Starodubtseva N., Frankevich V., Chen H. Preconcentration of organic solutes in urine by bubble bursting (2016) Metabolomics, 12 (11), статья № 171, .
5. Kononikhin A.S., Starodubtseva N.L., Bugrova A.E., Shirokova V.A., Chagovets V.V., Indeykina M.I., Popov I.A., Kostyukevich Y.I., Vavina O.V., Muminova K.T., Khodzhaeva Z.S., Kan N.E., Frankevich V.E., Nikolaev E.N., Sukhikh G.T. An untargeted approach for the analysis of the urine peptidome of women with preeclampsia (2016) Journal of Proteomics, 149, pp. 38-43.
6. Starodubtseva N.L., Kononikhin A.S., Bugrova A.E., Chagovets V., Indeykina M., Krokhina K.N., Nikitina I.V., Kostyukevich Y.I., Popov I.A., Larina I.M., Timofeeva L.A., Frankevich V.E., Ionov O.V., Degtyarev D.N., Nikolaev E.N., Sukhikh G.T. Investigation of urine proteome of preterm newborns with respiratory pathologies (2016) Journal of Proteomics, 149, pp. 31-37.
7. Kononikhin A.S., Chagovets V.V., Starodubtseva N.L., Ryndin A.Y., Bugrova A.E., Kostyukevich Y.I., Popov I.A., Frankevich V.E., Ionov O.V., Sukhikh G.T., Nikolaev E.N. Determination of proteomic and metabolic composition of exhaled breath condensate of newborns (2016) Molecular Biology, 50 (3), pp. 470-473.
8. Chagovets V., Kononikhin A., Starodubtseva N., Sysoev A.A., Ding J., Chen H., Frankevich V. Comparison of pyridine and pyrazine derivatives distribution in exhaled breath and exhaled breath condensate after smoking (2015) European Journal of Mass Spectrometry, 21 (6), pp. 829-832.